中国中医科学院中医基础理论研究所，成立于1985年4月，是目前唯一专门从事中医基础理论研究的国家级科研院所。其前身为1980年成立的中国中医研究院中心实验室。研究所成立以来，始终以继承与创新有机结合、理论研究服务于临床实践、基础研究面向国家重大需求为基本方针。努力建设队伍精干、优势突出、特色鲜明，能胜任中医理论继承与创新研究任务、代表国家中医基础理论研究水平的研究所。努力成为高水平的国家中医基础理论研究中心、中医基础理论研究重大项目的组织中心、中医基础理论研究的学术交流中心。继承和发展中医学理论体系，促进中医药学术进步，为建立具有中国特色的卫生保健体系提供理论支撑。
研究所成立以来，基于主要研究方向和重点领域，先后承担的国家及行业重点重大科技计划项目有：国家“七五”、“八五”、“九五”、“十五”科技攻关计划项目，国家“十一五”科技支撑计划项目及课题，国家自然科学基金重大研究计划重点项目及课题、国家重点基础研究计划(973计划)项目及课题、重大传染病防治国家科技重大专项课题、重大新药创制国家科技重大专项课题，科技部基础性工作项目及课题、科技部社会公益性研究项目及课题，国家中医药管理局中医现代化发展战略研究重点项目、三种传染病防治中医药行业专项课题等;其他科研基金课题有：国家自然科学基金面上课题、青年基金课题及国际合作课题，国家中医药管理局科研基金及北京市科研基金课题、博士后基金课题、归国留学人员及国际合作基金课题、科研院所自主选题项目等。现承担国家重点基础研究计划(973计划)项目2项、课题4项。2013年立项的973计划项目为：中医理论体系框架结构研究，首席科学家为潘桂娟研究员;2014年立项的973计划项目为：中医证候临床辨证的基础研究，首席科学家为胡镜清研究员。
建所以来，发表学术论文2000余篇，出版学术著作150部，获得部局级以上科技成果50项，或院级成果奖50项，获新药证书6项，获国家发明专利11项、实用新型专利9项，获软件著作权8项。
科技体制改革以来，研究所基于中医基础理论、中医诊断学、中西医结合基础的学科设置框架，结合国家中医药管理局中医基础类学科目录，设置藏象学研究室、病因病机学研究室、诊法与证候研究室、治则治法与养生学研究室、中医学方法论研究室、中医经典与学术流派研究室等六个中医理论研究室;设置中医病证研究中心、中医方证基础研究中心、中医药防治病毒性疾病基础研究中心等三个实验研究中心;设有清洁级实验动物室、文献资料室等。
本所中医基础理论学科、中西医结合基础学科，为国家中医药管理局重点学科;中医理论研究科室，为国家中医药管理局重点研究室。研究所拥有条件先进的科学实验平台，有四个实验室为国家中医药管理局三级实验室。
《中国中医基础医学杂志》是本所主办的、面向国内外发行的国家级双核心科技期刊，在中医基础研究领域具有广泛的学术影响。
截止目前在编在职102人，其中，具有高级专业技术职称人员60名，有博士学位者62名 设有中医基础理论、中医诊断学、中西医结合基础及中药学学科专业，已培养硕士223名、博士90名。目前有在读博士研究生36名，硕士研究生53名;设有中医基础理论、中西医结合基础、中西医结合临床博士后流动点，已出站博士后65名。
建所以来，研究所与国内外二十余所高等院校、科研院所、医疗机构等，建立了实质性的科研协作关系。2014年，启动“基础-临床院所协同创新行动”，积极促进中医基础理论研究所与临床医院的研究资源整合。
